Konsep Masjid Dzulqarnain adalah perpaduan dari arsitektur jawa dengan arsitektur modernism. Apabila dilihat dari luar, masjid memperlihatkan citra tradisional jawa dengan ciri khas atap tajuk. Unsur modernism diterjemahkan ke dalam struktur dan interior bangunan agar tercipta ruang-ruang yang rigid dan efisien. Dalam masterplannya, area sekitar bangunan utama masjid juga dimanfaatkan untuk fasilitas pendukung seperti rumah tahfidz, rumah singgah dan juga area servis seperti area komersial, toilet dan tempat parkir yang memadai untuk mengakomodasi beragam kebutuhan jamaah.